A História do BDA tem o seu início em 1999, quando, com a sua visão de Estado, o Presidente da República promoveu a criação do Fundo de Desenvolvimento Económico e Social e, subsequentemente, em 2006, o BDA constitui-se como gestor único do Fundo Nacional de Desenvolvimento (FND), criado no mesmo ano.
Estava dado o passo para se consolidar a visão do BDA e se iniciar o cumprimentos da missão do BDA.
Na génese da criação do BDA está a reflexão sobre a necessidade de transformar os recursos financeiros obtidos pelo Estado com a exploração de recursos não renováveis do sector extractivo (petróleo e diamantes) em activos fixos geradores de rendimentos.